原位测序 (ISS) 是一种新方法，通过该方法直接在固定组织或细胞样品的切片中对 mRNA 进行测序。原位测序原理关键是测序信息与其位置之间的联系—在一些情况下，是亚细胞位置。这与传统测序不同，后者在将样本从内源环境中移除后分析样本，从而丢失位置信息。
ISS由斯德哥尔摩大学开发，可同时量化数百个 mRNA 转录本，并以单细胞分辨率在空间上解析它们。该方法使用四种荧光染料来指示核酸碱基、 RNA 挂锁探针和催化在挂锁探针位置形成环化 DNA 的酶，这种机制称为滚环扩增。使用成像技术读取产生的荧光 DNA。
空间检测技术
斯德哥尔摩大学研究的新的测序方法，称为原位测序 ( HybISS )。与以前的 ISS 方法一样，HybISS 使用挂锁探针的滚环放大。HybISS原位测序除了具有较大的灵活性和多路复用性外，还提高了空间检测的灵敏度。
HybISS原位测序可用于为细胞图谱项目创建全面的空间参考地图。然而，建立完整的器官或组织的完整基因表达谱仍然需要大量时间，这对于研究器官/组织图谱是有必要的。
原位测序原理与应用
除了不同类型的肿瘤外，Cartana 已将这种生物技术用于小鼠和人类的至少 12 种组织类型，主要作用是识别组织内的免疫细胞。例如，如果通过这种技术可以绘制和识别肿瘤中的免疫细胞，那么您就可以查看肿瘤的浸润情况并评估免疫反应的程度，这也是一个热门应用.
与靶向 ISS 方法相比，荧光原位测序 ( FISSEQ ) 的非靶向方法也被开发应用。生物科学家曾进行过多种不同版本的原位单细胞测序进行开发，包括 RNA、基因组 DNA、病毒 RNA 和条形码的靶向分析针对蛋白质的抗体。
原位测序技术 和 RNA 结合蛋白
冷泉港实验室曾使用 INSTA-seq的新方法使用双向配对末端测序，这种测序方法可以原位读取单个 cDNA 分子的短分子条形码。在对细胞或组织进行荧光成像后，再使用 12 个碱基的条形码来沉淀cDNA 分子，从而在成像中进行基因表达分析，读取长度超过 300 个碱基。这种原位测序的方法还可以用来检测 RNA 结合蛋白足迹形式的调控信息，甚至可以在原位以亚细胞分辨率绘制 mRNA 和调控 RNA 结合蛋白之间的相互作用。
综上所述，由于原位测序原理 是在实际生物样本中通过核苷酸分辨率在单个细胞内精确定位分子机制，这从本质上改变了当前的功能基因组学的研究范畴，所以原位测序ISS的未来 可能会开辟新的分子生物学分支，即：空间功能基因组学。 苏州阿尔法生物十三年专注于生命科学实验室仪器与试剂耗材供应，产品广泛应用于细胞培养、分子生物学、基因组学、蛋白质学、蛋白组学、基因文库、全基因测序等领域。
