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革命性靶向RNA-seq技术助力高效融合基因检测

 更新时间:2023-08-01 点击量:426

随着癌症研究的不断深入,融合基因被认为是癌症发生的主要原因之一。而快速准确地对融合基因进行检测,则能够指导医学研究方案选择。然而,目前存在的分子检测方法在分辨率和通量方面受到一定的限制。靶向RNA-seq技术,通过使用生物素化寡核苷酸探针来富集目标RNA转录本,能够克服这些限制,实现对融合基因的敏感检测。

 

传统的融合基因检测方法主要包括Fluorescence in situ hybridizationFISH)和实时定量聚合酶链反应(RT-PCR)。然而,这些方法只能检测单个融合基因,无法识别新的融合基因伴侣或解析复杂的结构重组。而靶向RNA-seq技术可以克服这些限制,其敏感度高,能够检测到罕见或较低表达的转录本。

 

靶向RNA-seq的优势在于能够在一个实验中靶向捕获数百个基因,大大提高了融合基因的检测率。通过对多个细胞系进行检测分析,该技术在检测融合基因方面表现出更强的优势。例如,在肺癌患者的肿瘤组织中,靶向RNA-seq不仅确认了ROS1ALK的重组现象,还确定了其伴侣基因和融合连接位点。这不仅提高了融合基因的检测率,还与之前的检测结果具有高度的一致性。

 

另外,靶向RNA-seq技术还应用于其他疾病的融合基因检测。在慢性髓性白血病者中,靶向RNA-seq确定了与imatinib研究反应相关的BCR-ABL1异构体。在前列腺癌者中,靶向RNA-seq识别到了多个TMPRSS2-ERG融合异构体,并发现这些融合异构体具有多样的转录起始位点。此外,靶向RNA-seq还可以用于统计基因和外显子的表达,通过读深变化来识别融合连接位点,并发现融合基因的发生可能与基因表达相关。

 

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参考文献:

 

1. Gallagher RI, et al. Targeted RNA sequencing with a 48 gene panel accurately identifies colorectal cancer patients with microsatellite instability or mismatch repair deficiency. Gastroenterology. 2020; 158: 1308-1320.

 

2. Singh RR, et al. Clinical validation of a next-generation sequencing screen for mutational hotspots in 46 cancer-related genes. J Mol Diagn. 2013; 15: 607-622.

 

3. Campbell PJ, et al. The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer. Nature. 2010; 467: 1109-1113.

 

 

4. Drğqescu CA, et al. Validation of a next-generation-sequencing cancer panel for use in the clinical laboratory. Arch Pathol Lab Med. 2015; 139: 508-517.